بابر شاه برای تامین سلامت خود و سربازانش عده‌‌‌‌‌‌‌‌‌ای پزشک ایرانی همراه آورده بود که در طب ابن‌سینایی و مکتب پزشکی ایرانی مهارت فراوان داشتند. ورود این افراد به هند روند مهاجرت پزشکان ایرانی، به‌‌‌ویژه شیرازی‌‌‌ها، گیلانی‌‌‌ها و اصفهانی‌‌‌ها از ایران عصر صفوی به شبه قاره را سرعت بخشید؛ چراکه این پزشکان طب بوعلی سینایی را در هند بابری و دیگر مناطق شبه قاره از سده دهم تا سده سیزدهم هجری ترویج کردند و نگارش و ترجمه کتاب‌‌‌ها از زبان‌‌‌های عربی و سانسکریت به زبان فارسی موجب شد تا فارسی به زبان اول علمی در سراسر هند، به‌‌‌‌‌‌خصوص در علم پزشکی و داروسازی تبدیل شود. درعین‌‌‌حال، حضور پزشکان ایرانی که اغلب از فشارهای سیاسی و مذهبی قزلباشان به هند بابری و دولت‌‌‌های کوچک شیعه و سنی حاکم بر مرکز و جنوب شبه قاره پناه می‌‌‌آوردند، به تقابل دو اندیشه رقیب ایرانی و هندی در طب دامن زد که در مجموع به نفع علم پزشکی در هند تمام شد. شمار پزشکان و داروشناسان ایرانی که در سده‌‌‌های یازدهم و دوازدهم هجری در شبه قاره مشغول فعالیت بودند، بسیار بود، اما بعضی از آنها بر طب هند بابری تاثیرات قابل‌توجه گذاشتند.
یوسفی هروی
یوسف بن محمد بن یوسف طبیب مشهور به یوسفی، بیشتر عمر خودش را در هرات به نوشتن و تحقیق گذراند، اما در اواخر عمر از بیم سرخ‌‌‌کلاهان صفوی عازم هند شد و در دربار بابر و جانشین او، نصیرالدین همایون (۹۳۷-۹۶۳ ه. ق) چند اثر به نام این دو پادشاه بابری نوشت. بهعنوان مثال برای فهم آسان پزشکی برای عموم، چند منظومه در این علم سرود که قصیده فی حفظ الصحة در سال ۹۳۷ ه. ق با موضوع آداب و شرایط حفظ سلامتی مانند چگونگی خوردن و آشامیدن یا خواب و بیداری در فصول و آب و هواهای مختلف از آن جمله است.
یوسفی این منظومه کوتاه را که شامل ۵۴ بیت قصیده بود به نام بابر شاه سرود. او همچنین منظومه نصاب‌الصبیان را با هدف معرفی و شرح داروها از هندی به فارسی ترجمه کرد و در کتاب مقطعات یوسفی نیز به زبان شعر از خواص داروهای گیاهی و حیوانی سخن می‌‌‌گوید. این پزشک ایرانی دو رساله دلائل‌البول (غیرمنظوم) و دلائل‌النبض (منظوم) را نیز در سال ۹۴۲ ه.ق در شرح چگونگی شناخت بیماری‌‌‌ها از طریق نگریستن به ادرار و با کمکِ گرفتن نبض نوشت. یوسفی همچنین کتاب ریاض‌الادویه را در ۹۴۶ ه. ق به نام همایون شاه در باب معرفی و شناخت انواع گیاهان دارویی نوشت. یوسفی در سال ۹۵۰ ه.ق درگذشت.
امیرفتح‌‌‌الله شیرازی
این حکیم معاصر شاه طهماسب صفوی، به تعبیر نویسنده کتاب اقبال‌‌‌نامه جهانگیری، در طب تالی و نظیر نداشته است. هندوشاه استرآبادی، تاریخ‌‌‌نگار ایرانی مقیم هند نیز در تاریخ فرشته آورده است: «عادلشاه میلیون‌ها روپیه خلعت و انعام ارسال داشته، حکیم را از شیراز به دکن طلبید.» مهم‌ترین آثار امیر فتح‌‌‌الله در علم پزشکی، ترجمه کتاب ارزشمند کلیات قانون نوشته ابن‌سینا به فارسی و نگارش فرهنگ طبی بحرالجواهر به زبان عربی است. وی در سال ۹۹۷ ه. ق در کشمیر درگذشت.
عینالملک شیرازی
عبدالله‌بن‌علی، چشم پزشک، جراح ماهر و سیاستمدار شیرازی ملقب به عینالملک، یکی از کسانی بود که طب ایرانی را در سده دهم و یازدهم هجری در هند انتشار دادند. او پس از آنکه جلال‌‌‌الدین اکبر، سومین و مقتدرترین پادشاه بابری (۱۰۱۴-۹۶۳ ه. ق) را پس از سوءقصد نافرجام به جانش در سال ۹۷۱ ه. ق درمان کرد، به شهرت رسید و از ملازمان و مشاوران دربار اکبرشاه شد. وی نزدیک به ۱۲اثر مکتوب دارد که علاج‌الامراض، ضیاء‌العیون در زمینه چشم پزشکی، فوائدالانسان (منظوم) و رساله مأکول و مشروب از شاخص‌‌‌‌‌‌ترین آنهاست. عینالملک شیرازی در سال ۱۰۰۳ ه. ق در هند درگذشت.
حکیم علی گیلانی
علی بن کمال‌‌‌الدین محمد گیلانی مشهور به حکیم علی، خواهرزاده امیر ابوالفتح شیرازی، پزشک خاص سلیم بن اکبر مشهور به جهانگیر شاه بابری (۱۰۱۴-۱۰۳۷ ه. ق) و نویسنده دو اثر معروف در علم پزشکی در هند بوده است. اول، شراح‌القانون به زبان عربی در شرح کتاب قانون ابن‌سینا. حکیم علی علاوه بر توضیح مطالب کتاب قانون، شماری داروی جدید به فهرست داروهای تجویز شده از طرف بوعلی در شراح‌القانون افزوده است. این کتاب در دو اثر پزشکی متأخرتر، یعنی قرابادین قاطع نوشته علی افضل قزوینی در سال ۱۰۵۱ ه.ق و زادالمسافرین نوشته محمدمهدی بن علی‌‌‌نقی شریف در سال ۱۱۴۱ ه.ق بارها مورد استناد قرار گرفته‌‌‌اند. دوم، مجربات علی نام دارد که نویسنده در آن، روش ساخت یک نوع مرهم را شرح می‌دهد که حکیم علی از آن برای تسکین درد و برطرف کردن کوفتگی اکبرشاه پس از حادثه سقوط از فیل استفاده کرده است.
نکته آنکه استفاده از این مرهم هنوز در هند رواج دارد. حکیم علی گیلانی در حدود سال ۱۰۱۸ ه.ق به‌‌‌دنبال تنش‌‌‌های سیاسی پس از مرگ اکبر و تلاش جهانگیر برای تثبیت موقعیت خودش به عنوان جانشین او، فراری شد و در عزلت درگذشت.
نورالدین شیرازی
محمدبن‌عبدلله شیرازی فرزند حکیم عینالملک، خودش یک پزشک حاذق و مؤلف بوده است. او که در هند متولد شد و در سده یازدهم در دربار سه پادشاه بابری (اکبر، جهانگیر و شاه‌‌‌جهان) حضور داشت، در چهار رساله طبی به معرفی و تشریح اصول پزشکی و داروشناسی از منظر طب ایرانی پرداخته است. او ۳رساله الفاظ‌الادویه (تألیف ۱۰۳۰ یا ۱۰۳۸ ه.ق)، فرهنگ ادویه‌‌‌‌‌‌جات و فرهنگ نصیریه (شامل مخزن‌الادویه و میزان‌الادویه)، به‌‌‌طور تخصصی انواع داروهای گیاهی مفید و بعضی گیاهان مانند چای، قهوه و چوب چینی را که در اوایل عصر رنسانس در هند رایج شده بودند، معرفی کرده و شرح داده است. اما در انیس‌المعالجین، حکیم نورالدین انواع بیماری‌‌‌های جسمی و چگونگی درمان آنها را به روش آسیب‌‌‌شناسی و درمان به اختصار بیان کرده است.
بااین‌‌‌حال، بزرگ‌ترین اثر نورالدین شیرازی کتاب پرحجم طب داراشکوهی یا علاجات داراشکوهی است که برخی آن را هم‌‌‌ردیف دو فرهنگ‌‌‌نامه پزشکی ایرانی، یعنی قانون ابن‌سینا (سده پنجم هجری) و ذخیر خوارزمشاهی جرجانی (سده هفتم هجری) دانسته‌‌‌اند. حکیم نورالدین در آغاز نگارش این کتاب در سال ۱۰۵۲ ه.ق به پاس حمایت‌‌‌های شاهزاده داراشکوه‌بن‌شاه‌‌‌جهان بابری (د.۱۰۶۹ ه. ق) این کتاب را طب داراشکوهی نام نهاد. این کتاب از دو جهت حائز اهمیت است:
۱. طب داراشکوهی واپسین کتاب مهم در علم پزشکی است که به زبان فارسی نوشته شد.
۲. علاجات داراشکوهی دربردارنده اطلاعات پزشکی سرزمین هند است و این امر نه‌تنها نشانه محیط فرهنگی است که این اثر در آن نوشته شده، بلکه نشان‌دهندۀ گسترده‌‌‌تر شدن مطالعات مشترک هند و ایرانی در حوزه پزشکی است.
۳. با وجود ارزش فراوان این کتاب از لحاظ محتوایی، دسترسی به آن تقریبا محال است چون تنها دو نسخه از این کتاب در دنیا وجود دارد؛ یکی در پاریس و دیگری در کلکته هند. به نوشته نویسنده عالمگیرنامه، نورالدین محمد شیرازی در دوران عالمگیر اول، اورنگ زیب بابری (۱۱۱۹-۱۰۶۹ ه.ق) به ریاست دیوان بیوتات [وزارت دربار] بابریان در شهر آگرا منصوب شد و احتمالا اواخر سده یازدهم هجری درگذشت.
نظامالدین احمد گیلانى
احمد‌بن‌ملاصدرای گیلانی از پزشکان نامدار ایرانی مقیم هند بابری است که در سال ۹۹۳ یا ۹۹۴ ه.ق در گیلان متولد شد. در کودکی به اصفهان رفت و در محضر اساتید بزرگی هم‌‌‌چون محمدباقر داماد معروف به میرداماد و بهاءالدین عاملی (شیخ بهائی) به کسب دانش پرداخت. نظامالدین احمد در سال ۱۰۴۰ ه.ق به دلایل نامعلوم به هند رفت و ملازم مهابت خان خانان، یکی از ملازمان شاه جهان بابری شد.
این پزشک گیلانی پس از مرگ مهابت خان قصد بازگشت به ایران را داشت، اما شیخ محمدبن‌خاتون، از دیگر شاگردان شیخ بهائی به دربار عبدالله قطب‌شاه (۱۰۸۳-۱۰۳۵ه.ق) در حیدرآباد راه یافت و با لقب حکیمالملک در مقام پزشک دربار، ملازم سفر و سفیر قطب شاه در دربارهای شاه صفی صفوی و شاه جهان بابری خدمت کرد. تالیفات نظامالدین احمد طیف وسیعی از آثار را به زبان‌‌‌های فارسی و عربی در حوزه پزشکی و داروشناسی در برمی‌گیرد که برخی از آنها از این قرارند:
ادویة مفرده، أسرارالاطباء، اصطلاحات‌الاطباء، تدبیر الحبلى درباره باردارى، خالصة التذکرۀ فى طب التجربة، خواص برخى از گیاهان، خواص بعضى ادویة مفرده، خواص بعض زهر و خواص مومیائى. با تأمل در آثار نظامالدین احمد درمی‌‌‌یابیم که وی به عنوان یک اندیشمند در سنت‌‌‌های علمی پیش از خود، با ژرف‌‌‌اندیشی و باریک‌‌‌بینی خاصی عمل کرده و درعین‌‌‌حال در ارجاع به تالیفات خویش بسیار دقیق بوده است. این امر از نمونه‌‌‌های درخشان و نادر از حلقه‌‌‌های پزشکی و حکمت در مکتب اصفهان است. بهعنوان مثال، نظامالدین احمد کتاب اسرارالاطباء را با شرح داروهای ساده و مرکب آغاز کرده است، سپس داروهایی را که همیشه باید در دسترس شاه، ثروتمندان و افراد ذی‌‌‌نفوذ باشد، نام می‌‌‌برد. در بین این داروهای ضروری، اسامی تریاق پادزهر، مهره، مومیایی، یشم و مهره مار جلب توجه می‌کنند. نظامالدین احمد گیلانی سرانجام حدود سال ۱۰۵۵ ه. ق درگذشت.
علوی خان
محمدهاشم بن محمدهادی شیرازی دهلوی واپسین پزشک مشهور ایرانی در هند بابری است. او که از جوانی به هند بابری آمد، در دربار اورنگ زیب مقرب بود و به شاهزاده محمداعظم، یکی از فرزندان او خدمت می‌کرد که چند ماهی هم جانشین اورنگ زیب شد. علوی‌خان که از او بهعنوان سفیر مکتب پزشکی شیرازی در هند یاد شده، در آثار متعددش به زبان فارسی سعی کرده است تا پزشکی ایرانی را در شبه قاره نهادینه نماید. این کتاب‌‌‌ها و رساله‌‌‌ها عبارتند از: دستورات علاج، مطب، حمیات، جمع‌الجوامع، جامع‌الجوامع، احوال اعضاءالنفس و شرح موجز بر قانون ابن‌سینا. علوی‌خان در اواخر عمر به بهاء‌‌‌الدوله و حکیمالملک ملقب شد و پس از حمله نادرشاه افشار (د. ۱۱۶۰ ه.ق) به هند همراه او به ایران آمد و مدتی پزشک خاص نادر بود، اما به هند بازگشت و تا زمان استیلای احمد شاه درانی در سال ۱۱۶۲ ه.ق در قید حیات بود.