درآمد به دست آمده نیز به سرمایه‌گذاری در داخل کشور اختصاص یافت. هنگام صدارت امیرکبیر، سازمان نوینی برای تنظیم امور مالی دربار، حفظ تمرکز خزانه و وصول مالیات ایجاد شد و به دستور وی حوزه‌های مالیاتی در سراسر کشور به وجود آمدند. هر یک از این حوزه‌های مالیاتی زیر نظر یک مستوفی بود. در همین راستا برای ایجاد نظام مالی جدید، یکی از فرزندان محمدعلی میرزا، پسر فتحعلی‌شاه برای مطالعه در امور مالی و جمع‌آوری قوانین مالیه به فرانسه اعزام شد.
در دوره امیرکبیر در خصوص مالیات و تنظیم آن و همچنین نظارت بر اخذ مالیات از مردم نیز اقداماتی انجام شد. وی به همین دلیل به لغو برخی از پیشکش‌ها و مالیات‌های اضافی اقدام کرد. این اقدام در روزنامه رسمی کشور تحت عنوان «ممنوعیت یافتن اخذ سیورسات» اعلام شد. در موردی دیگر از اقدامات حمایتی در زمینه مالیات از «تقسیم مالیات» در «محال فومن گیلان» جلوگیری شد.
همچنین امیرکبیر بر این نکته همت گماشت که اداره گمرک در اختیار افراد مورد اعتبار ایرانی‌تبار قرار گیرد تا درآمد حاصل از آن به کشور انتقال یابد. امیرکبیر در دوره صدارت عظمای خود سیاست حمایت از اقتصاد داخلی را در پیش گرفت. در واقع تصمیم وی در جلوگیری از خروج طلا و پول از کشور موجب شد تا سیاست تمرکز بخشیدن به اقتصاد داخلی و بومی و حمایت از محصولات داخلی را سرلوحه برنامه‌های عمرانی خود قرار دهد؛ سیاستی که در خلال نوشته‌های روزنامه «وقایع‌اتفاقیه» به عنوان ابزار رسمی اعلان سیاست دولت مرکزی هویداست. تاکید امیرکبیر بر ایجاد روحیه و انگیزه و تلاش همگانی در نوآوری در زمینه‌های مختلف اقتصادی و به‌خصوص در زمینه صنعتی و بهره‌گیری از اجناس ایرانی به جای اجناس خارجی، در این روزنامه منعکس است.
وی در راستای قدرت‌بخشیدن به اقتصاد داخلی ایران و حمایت از آن، دست به ابتکارات فراوانی زد؛ از جمله اینکه صنعتگران در ازای نوآوری در صنعت، پاداش دریافت می‌کردند. روزنامه «وقایع‌اتفاقیه» در خصوص برنامه صنعتی دولت امیرکبیر نوشت: «اولیای دولت اهتمام بسیار دارند که صنایع بدیعه ممالک محروسه رونق تمام یابد.» به همین دلیل به تمامی مردم اعلام شد که اگر هرکس پیشنهادی را مطرح کند که «منفعت دولت و رفاهیت در آن لحاظ شده باشد، مورد التفات قرار خواهد گرفت.» هدف از این اقدام کنش‌گرایانه امیرکبیر، در واقع بهره‌گیری از توان مردم و همچنین صنعتگران و بازرگانان در ارائه ایده‌های جدید برای پیشرفت اقتصادی در جامعه بود. تشویق و حمایت دولت در زمینه‌های اقتصادی در این دوره موجب ایجاد فعالیت‌های جدید و ابتکارات فردی در داخل کشور شد. در کتاب‌های مختلف این دوره، به‌خصوص در رساله «نوادرالامیر» و همچنین رساله «قانون قزوینی» نمونه‌هایی از این اقدامات ذکر شده است.
در این دوره به منظور تعلیم صنایع، چند مرکز تعلیمی ایجاد شد که یکی از این مراکز در سال ۱۲۶۷ه.ق در «ارگ سلطانی دارالخلافه» تاسیس شد. «المجمع الصنایع» از تاسیسات اقتصادی ایجادشده در این دوره بود که به‌منظور ترویج فن و صنعت در کشور ایجاد شد. طرح تاسیس مدرسه‌ای برای ایجاد برخی رشته‌های فنی جدید با عنوان «مجمع‌الصنایع» در سال ۱۲۶۹ه.ق عملی شد. ماموریت این نهاد آموزشی بسیار حرفه‌ای تعیین شده بود و اعزام کارآموز و دانشجو برای فراگیری علوم جدید و موردنیاز در پیگیری فکر تاسیس «مدرسه مجمع‌الصنایع» موثر بود. تا آن هنگام در رشته‌های نقاشی، ریخته‌گری، کاغذسازی، زرگری، چینی‌سازی، تجاری و نظایر آن کارآموز به خارج اعزام شده بود. رشته‌هایی همچون ساعت‌سازی، آپالیط‌سازی، زرکشی و زردوزی، خیاطی، ملیله‌سازی نمونه کار چین، نقاشی و تفنگ‌سازی در این مرکز آموزشی ایجاد شده بود و آموزش داده می‌شد.
در مورد تاثیرگذاری این مرکز بر وضعیت تولید کالایی و ارتقای پیشه‌ها و حرفه‌ها، در منابع دوره قاجار اشارات مختصری شده است. یکی از مشخص‌ترین این تاثیرات در رواج جلد‌سازی بنا به اسلوب فرنگی و صحافی فرنگی‌سازی در ایران بود. در صنعت میناکاری نیز این تاثیر مشخص شده است. از میناکاران نامی دوره ناصری که در «مجمع‌الصنایع» حجره داشتند، می‌توان به «غلامعلی» اشاره کرد. ایرج افشار نیز گزارشی از تاثیرگذاری مکتب نقاشی «مجمع‌الصنایع» بر جامعه تا هنگام برپایی وزارت صنایع مستظرفه به دست داده است.
امیرکبیر بر این اعتقاد بود که برپا کردن صنایع داخلی دست‌کم این فایده را خواهد داشت که هر پولی صرف ایجاد آن شود، در داخل کشور هزینه می‌شود. نقشه امیرکبیر در بنای صنعت داخلی، شامل استخراج معدن، ایجاد کارخانه‌های مختلف، استخدام استادان فنی از انگلیس و پروس، فرستادن صنعتگران به روسیه و حمایت از محصولات داخلی بود. در سال ۱۲۶۷ه.ق فرمان آزادی استخراج معادن برای اتباع ایران از سوی امیرکبیر صادر شد. پیش از این در زمان عباس‌میرزا، استخراج معادن مورد توجه قرار گرفته بود و تلاش‌هایی در این راستا نیز انجام شده بود، اما این بار امیرکبیر برای ایجاد صنعت داخلی به این امر توجه کرد. طبق این فرمان اولا تمام اتباع ایران با کسب اجازه حق استخراج معادن را داشتند؛ ثانیا استخراج‌کنندگان تا مدت پنج‌سال از پرداخت هرگونه مالیات دولتی معاف بودند. نکته مهم و جالب توجه این فرمان این بود که آزادی استخراج معادن منحصرا برای اتباع ایران در نظر گرفته شد و بیگانگان از این حق محروم بودند. ضمنا استخراج‌کننده به مدت پنج‌سال از پرداخت هرگونه مالیات معاف بود. این امتیازات موجب تشویق امر سرمایه‌گذاری در معادن شد. برای نمونه در این دوره شخصی به نام «میرزاآقاسی» معدن مس و آهن قراچه‌داغ را راه‌اندازی و در وهله اول هشت خروار مس خالص تولید کرد؛ آهن ماسوله گیلان توسط استاد فتح‌اله به دست آمد؛ از معدن نانیج مازندران آهن استخراج شد و ماده قطران که در توپخانه مصرف داشت و از قفقاز می‌آوردند، در رحمت آباد گیلان ساخته شد.
امیرکبیر در راستای گسترش آموزش در زمینه معدن‌شناسی و انجام عملیات اکتشافات معدن توسط ایرانیان طی نامه‌ای در ۱۲ رمضان ۱۲۶۷ه.ق به جان داوودخان در ارزنه‌الروم خواستار استخدام استاد معدن‌شناسی به مدت پنج‌سال شد. از سوی دیگر، امیرکبیر درصدد تاسیس کارخانه‌های مختلف به منظور تولید نیازهای داخلی کشور بود. به همین دلیل در نامه‌ای به جان داوودخان خواستار استخدام استاد ماهوت‌بافی از خارج کشور برای ایجاد این صنعت شد.
اعتمادالسلطنه در نوشته‌های خود به ایجاد کارخانه بلورسازی در قم و بافت شال‌های کرمانی در کرمان که قادر به رقابت با شال‌های کشمیری بود، اشاره کرده است. وی در جای دیگر نیز به ایجاد کارخانه شکرسازی در این دوره اشاره می‌کند. مستوفی نیز در کتاب خود به کارخانه شکرسازی مازندران اشاره کرده است. همچنین کارخانه‌های چینی‌سازی در این دوره ساخته شد.
از جمله صنایعی که در زمان صدرات امیرکبیر به آن توجه خاصی شد، صنعت ساخت تسلیحات نظامی بود. در روزنامه «وقایع‌اتفاقیه» به ایجاد جبه‌خانه و قورخانه در تبریز و اصفهان نیز دارالخلافه در تهران اشاره شده است. در زمان صدارت امیرکبیر در زمینه ایجاد صنایع فلزی نیز اقداماتی صورت گرفت، به طوری که در سال ۱۲۶۸ه.ق به دستور امیرکبیر در بلوک نانیج مازندران تصفیه آهن به بهترین نحو انجام شد. در مورد صنعت قندسازی نیز در دوره امیرکبیر سیاست‌هایی اتخاذ شد. وی به تصفیه شکر مازندران که برای قندسازی مناسب بود، توجه زیادی داشت، به طوری که شکرهای تصفیه‌شده مازندران با شکر هندوستان قابل رقابت بود. در واقع هدف دولت از ایجاد دارالفنون ایجاد مرکزی به‌منظور پرورش افرادی برای خدمت به همین صنایع نوپا در ایران بود.
پافشاری و اصرار امیرکبیر بر احداث صنایع داخلی و جلوگیری از استفاده از کالاهای خارجی با اعتراض سفرای خارجی مواجه شد. توجیه سفرای مزبور این بود که طبق عهدنامه‌هایی که بین ایران و روسیه و برخی کشورهای دیگر منعقد شده بود، ایران حق جلوگیری از ورود و خرید کالاهای خارجی را نداشت. سفیران اروپایی سعی می‌کردند امیرکبیر را از سیاست اقتصادی که در پیش گرفته بود، برحذر دارند. کلنل جاستین شیل، وزیر مختار وقت انگلیس، بارها به امیرکبیر یادآور شد که به جای ایجاد کارخانه با هزینه و مخارج بالا، پارچه‌های اروپایی را با قیمت ارزان‌تر تهیه کند، اما در پاسخ، امیرکبیر خارج نشدن طلا و پول ایران از کشور را مهم‌ترین عامل ایجاد کارخانه‌ها دانست. اعتمادالسلطنه در خصوص روش امیرکبیر در برخورد با اعتراضات دولت‌های انگلیس و روسیه به سیاست‌های اقتصاد داخلی وی می‌نویسد: «امیر نظام برحسب معاهده تجارتی که با دول بسته شده بود، از آوردن اجناس آنها به ایران منع نمی‌کرد، ولی به حرکات و عادات خود طوری مسلوک می‌داشت که جنس خارجه را مردود می‌ساخت و کسی خریدار نمی‌‌‌شد. غالبا البسه خود را به پارچه‌هایی قرار می‌داد که در ایران می‌یافتند. به این واسطه مردم به او تاسی و اقتدا کرده، سبک ایرانیت و رواج جنسیت خود را از دست نمی‌دادند و ترقی ملک و ملت و پیشرفت اهل حرفت را به رنگ‌های زرد و سرخ خارجه که اعراض صرف است تبدیل نمی‌کردند، متاع مملکت خود را می‌خریدند که همیشه درم و دینارشان به دست خودشان دایر و سایر باشد و به خارجه نرود که خود بعد از چندی سرگردان و معطل باشند.»
امیرکبیر برای کاهش وابستگی به محصولات خارجی و بهبود وضعیت کشاورزی نیز اقداماتی انجام داد که کاشت نیشکر در خوزستان و مازندران از جمله این اقدامات به شمار می‌رود. وی در خصوص کشت نیشکر خطاب به والی خوزستان بر این مساله تاکید می‌کند که نیشکر باید در مقدار فراوان و با مرغوبیت بالا برای رفع مایحتاج کل ایالات فراهم شود. اعتمادالسلطنه در کتاب «مرآه‌البلدان» به این مطلب اشاره می‌کند که «در بلوک شوشتر موسوم به عقیلی» کشت نیشکر بسیار مرغوب وجود دارد. در جایی دیگر، همین نویسنده به کاشت تریاک و تخم و نهال‌ها و قلمه سایر بلاد در تهران در دوره امیرکبیر اشاره می‌کند. بررسی و مطالعه کتب اعتمادالسلطنه و دیگر نویسندگان این دوره زمانی نشان می‌دهد که در سال‌های حکومت امیرکبیر، برخی از حکام ایالات و ولایات ایران نیز با تشویق صدراعظم به برخی اقدامات اقتصادی برای رشد کشاورزی همچون کاشت بذرهای جدید و نیز ساخت سد اقدام کردند.
دولت مرکزی در این دوره با مشاهده سود فراوان کاشت پنبه در آمریکا و برآورد احتمال کاشت و محصول‌دهی پنبه در مناطق گرمسیر فارس، شوشتر و ارومیه به دلیل نزدیکی به دریا به کاشت پنبه در این مناطق پرداخت. همچنین برخی افراد به دلیل حمایت دولت مرکزی به طور مستقل به کاشت این محصول مبادرت کردند.
از اقدامات دیگر امیرکبیر برای حمایت از کشاورزی، ایجاد سد در مناطق مختلف کشور بود. در ذیل به قسمتی از فرمان امیرکبیر در احداث بند شوشتر و هویزه اشاره می‌شود: «مقرب‌الخاقانا، دوست مکرم مهربانا برای تعمیر پل و بند شوشتر و قلعه سلاسل و بند حویزه شما خود پیش‌تر تفضیلی نوشته بودید. ولی از اینکه تعمیر آن خرابی‌ها لزومی دارد و اگر نشود ضرر کلی دارد، لهذا آن عالی‌جاه ماذون و مرخص است که تا معادل ۱۰هزار تومان از مالیات ولایات ابواب جمعی خود به صوابدید و استحضار مقرب‌الخاقان مشیرالدوله صرف تعمیر آن خرابی‌ها نماید. اما چنانچه خرجی که به کار آید و بی‌مصرف و بیجا نباشد و در این عمل باید کمال دقت و اهتمام را نماید که برای بعد بنای آنها چنان مستحکم باشد که در وقت طغیان آب و انهدار سیل، رخنه در آنها به هم نرسد و منهدم نگردد.» اعتمادالسلطنه به اتمام بنای این سد در خوزستان در دوره امیرکبیر اشاره می‌کند. همچنین در جایی دیگر به «بستن بندی در گرگان» اشاره می‌کند.
امیرکبیر در راستای افزایش تجارت در راه‌های تجاری و کاروانسراها امنیت را برقرار کرد و دزدی از کاروان‌های تجاری از ترس مجازات امیرکبیر بسیار کاهش یافت.
رابرت گرائت واتسن(Robert Grant Watson) در خصوص افزایش تجارت در این دوره نوشت: «تجارت بین شهرهای عمده و ایالات ایران و همچنین میان ایرانیان و همسایگان آنها روسیه، ترکیه، عربستان، هندوستان، افغانستان و نواحی ازبک و ترکمن با اطمینان خاطر تحت حمایت دولتی جریان داشت و امیر، اهالی تهران به‌خصوص طبقه بازرگان را با ایجاد راسته‌های بازار که زیباتر از هر بازار مشابهی در ایران بود، قرین امتنان داشت.» امیرکبیر برای ایجاد نظارت و تمرکز بر تجارت داخلی در پایتخت، تیمچه و بازاری را بنا گذاشت که اولی سرای اتابکیه و دومی بازار امیر نام گرفتند. بنای این بازارها در رمضان ۱۲۶۶ه.ق تمام شد. سرای امیر در دو طبقه ساخته شد و دارای ۳۳۶حجره بود. این مرکز تجاری ۲۲ ربیع‌الثانی ۱۲۶۷ه.ق افتتاح شد. ریاست این تاسیسات را آقامهدی ملک‌التجار به عهده داشت. این بازار را زیباترین بازار تجاری در داخل کشور می‌دانستند.
امیرکبیر در راستای افزایش بهره‌وری ایرانیان از تجارت، بر مساله نظارت بر تجارت شهروندان ایرانی در کشورهای همجوار نیز تاکید داشت. نامه امیرکبیر به میرزا حسین، کارپرداز ایران در ارزنه‌الروم گویای این واقعیت است. در این نامه امیر در خصوص دادن تذکره به تجار تاکید می‌کند که صرفا این تذکره به تجار امن و قابل داده شود تا اعتبار تاجر ایرانی حفظ شود. وی در نامه‌ای دیگر تاکید می‌کند که در باب امور تجار ایرانی که در تفلیس و مسکو مشغول امر تجارت هستند، تمامی امور آنها باید به واسطه سعی و اهتمام کارپردازی منظم باشد و به همگی آنها اطلاع داده شود که کارپردازی، اعمال آنها را زیر نظر دارد. همچنین کارپردازی وظیفه دارد که بر اخذ تنها صدى‌پنج در گمرک از تجار ایرانی نظارت کند.
در همین خصوص در نامه‌ای دیگر که به محمدخان، مصلحت‌گذار اسلامبول می‌نویسد، به سوءسلوک وکیل امور تجارت ایران در شام اعتراض می‌کند و خواستار عزل وی و تعیین شخص شایسته‌ای در این منصب برای حمایت از تجار ایرانی می‌شود. روزنامه «وقایع‌اتفاقیه» در گزارشی در خصوص تجارت ایران و عثمانی در این دوره به گسترش نفوذ تجار ایرانی در عثمانی و سود فراوان حاصله اشاره می‌کند.
امیرکبیر در راه شرکت دادن ایرانیان در بازار و اقتصاد جهانی به‌قدری کوشا بود که در سال ۱۲۶۷ه.ق به همت وی ایران در «نمونه‌خانه امتعه» عمومی لندن شرکت کرد. امیرکبیر در خصوص شرکت ایران در این نمایشگاه در نامه‌ای به شیل نوشت: «با تجار گفته شد؛ قرار دادند که از حالا الى شش ماه را در اسلامبول حاضر و موجود نمایند و آنچه اخراجات راه می‌شود، اولیای دولت از عهده برمی‌آیند.»
امیرکبیر در راستای گسترش تجارت و تسهیل ارتباطات در نقاط مختلف کشور به فکر ایجاد راه‌آهن نیز افتاد. در واقع اندیشه ایجاد راه‌آهن در ایران برای نخستین بار در این دوره مطرح شد. در روزنامه «وقایع‌اتفاقیه» به عنوان روزنامه رسمی کشور، بارها به اهمیت بهبود وضعیت راه‌ها و تاثیر آن در بهبود کشاورزی و تجارت اشاره شده است. برای نمونه در شماره ۳۰ این روزنامه در خصوص زراعت‌کاران بروجرد به این نکته اشاره می‌شود که «زراعت‌کاران در آنجا به‌رغم محصول فراوان ضرر می‌کنند؛ چرا که اکثر محصول در آنجا به عنوان مالیات به صورت جنسی گرفته می‌شود و نیز جنس کمتر فروخته می‌شود. وفور محصول و ارزانی آن که به قیمت هم آن هم نمی‌رسد و ضرر می‌دهد.» نویسنده روزنامه دلیل مشکل مزبور را خرابی راه‌ها عنوان کرده و خواستار ایجاد راه‌های جدید می‌شود که بتوان به وسیله آن محصول کشاورزی را به سایر شهرها انتقال داد.
در این روزنامه همچنین بارها به فواید ساختن راه‌آهن در کشورهای مختلف اشاره می‌شود. برای نمونه در شماره ۱۷ روزنامه «وقایع‌اتفاقیه» به زمینه‌سازی ایجاد راه‌آهن در هند اشاره می‌شود. در شماره ۱۶ این روزنامه نیز به ساخت راه‌آهن فرانسه از محل سرمایه‌گذاری تجار انگلیسی اشاره می‌شود. همچنین ذکر می‌شود که رئیس‌جمهور فرانسه، شخصا ضامن پرداخت سود تجار سرمایه‌گذار در راه‌آهن از طریق درآمد راه‌آهن فرانسه شده است. در شماره‌های ۱۴ و ۳۰ این روزنامه در مورد ایجاد راه‌آهن و فواید آن مطالبی ذکر می‌شود. همچنین در یکی از شماره‌های این روزنامه به فواید ساخت راه‌آهن در آمریکا اشاره می‌شود (همان).
در دوره صدارت امیرکبیر، طرح راه‌آهنی توسط رابرت استفن‌سون (Robert Stephenson) ارائه شده و قرار بود اجرا شود. طرح مزبور قرار بود از وین آغاز شود و بعد از عبور از بغداد و خلیج فارس و نیز مناطق جنوب ایران (خوزستان، فارس، کرمان و بلوچستان) به سند متصل شود که مورد توجه دولتمردان آن زمان ایران قرار گرفت، اما صورت عملی نیافت و با مخالفت سر جاستین شیل که از سوی دولت بریتانیا مامور بررسی طرح مزبور از جهات فنی و سیاسی و اقتصادی بود، مواجه شد. شیل در خصوص آن در گزارشی به لندن نوشت که هیچ تناسب و تعادلی میان نفعی که از گذر راه‌آهن از ایران عاید این کشور خواهد شد و فایده‌ای که برای انگلستان خواهد داشت، وجود ندارد. همچنین با ذکر این موضوع که ایجاد راه‌آهن موجب رشد اقتصادی و اجتماعی ایران خواهد شد، دولتمردان انگلیسی را از اجرای این طرح بازداشت.
راز نتیجه‌گیری اساس اندیشه امیرکبیر در اقتصاد کشور، حمایت از اقتصاد داخلی بود. وی با توجه به ضعف اقتصادی کشور درصدد توانمند کردن اقتصاد داخلی برآمد و در این راه از تمام توانمندی‌های موجود در کشور همچون کشاورزی، معادن و ایجاد کارخانه بهره جست. امیرکبیر در این راستا از توانمندی مردمی نیز سود برد. این دوره شاهد نوآوری‌ها و اقدامات اقتصادی فراوان از سوی مردم و حکام است که در کتب مختلف این دوره از آن یاد شده است. امیرکبیر در راستای تقویت اقتصاد داخلی در کشور به ایجاد صنایع مختلف به منظور تامین نیازهای داخلی کشور اقدام کرد. به نظر وی بهره‌گیری از تولیدات داخلی موجب جلوگیری از خروج طلا از کشور و قوی شدن پشتوانه مالی کشور می‌شد. در دوره سه‌ساله صدارت عظمای امیرکبیر، کشور به پیشرفت‌هایی در زمینه اقتصادی رسید. در زمینه صنعتی وی تعدادی کارخانه کوچک صنعتی ایجاد کرد. همچنین با ایجاد مدرسه دارالفنون و مجمع‌الصنایع به پرورش صنعتگران در داخل کشور پرداخت. در این دوره وی با جلوگیری از ورود «امتعه خارجی» به حمایت از صنایع داخلی و بومی پرداخت. در زمینه توسعه کشاورزی نیز به فرمان امیرکبیر چند سد روی رودخانه‌ها ساخته و کشت برخی محصولات جدید متداول شد. امیرکبیر در زمینه پیشرفت تجارت به حمایت از بازرگانان ایرانی داخل و خارج از کشور پرداخت. در زمینه استخراج معادن نیز به تشویق سرمایه‌‌‌گذاران ایرانی پرداخت و به آنان معافیت‌‌‌های مالیاتی اعطا شد.