دانش‌آموزانی که در ابتدای سال تحصیلی حاضر نبودند، به وسیله تلگراف از شهرستان‌‌‌ها و آنان که به شمیرانات برای ییلاق رفته بودند، توسط فراشان فراخوانده میشدند.» تدریس در مدرسه صبح‌‌‌ها و بعدازظهرها انجام می‌‌‌شد. چون بعضی از شاگردان بنا به دلایل مختلفی به طور منظم، سر کلاس‌‌‌های خود حاضر نمی‌‌‌شدند، در سال ۱۲۶۵ه.ش نیرالملک -رئیس دارالفنون- تصمیم گرفت شاگردانی را قبول کند که به طور منظم در کلاس‌‌‌ها حاضر میشدند و دوره کامل مدرسه را طی می‌کردند. وی این پیشنهاد را به موجب اعلامیه‌‌‌ای چاپ و منتشر کرد و آن را به اطلاع اولیای دانشآموزان رساند.
زمان کار مدرسه: مدرسه از ساعت ۸ صبح تا ۳ بعدازظهر باز بود. درس‌‌‌های روزانه در سه قسمت دروس صبح، قبل از ظهر و بعد از ظهر تدریس میشدند. دانشآموزان ناهار را در مدرسه می‌‌‌خوردند که به‌رایگان، از طرف مدرسه به آنها داده می‌‌‌شد. این ناهار عبارت بود از یک مجمعه چلوخورشت، نان و پنیر و سبزی و یک کاسه آش، آبگوشت یا دوغ.
هزینه‌‌‌های دارالفنون: پیش از تشکیل وزارت علوم، هزینه‌‌‌های مدرسه به علت حاکم بودن فکر نظامی بر آن در زمره بودجه و هزینه‌‌‌های نظامی بود. اما بعد از تشکیل وزارت علوم که وزارت‌خانه‌های تلگراف و معادن هم جزو آن بود، مالیات ملایر و تویسرکان به برنامه‌‌‌های آن وزارتخانه اختصاص یافت. در تشکیلات مملکتی نیز حکومت این دو ولایت برعهده وزیر علوم بود. وی از طرف خود یکی از اعضای مدرسه دارالفنون را برای این کار معین می‌‌‌کرد. مالیات گرفته‌شده از ملایر و تویسرکان در سال ۱۲۶۴ه.ش برابر ۷۷۰ تومان و ۸ قران و ۵۲۵ دینار بود. به علاوه، ۰۷۰/ ۶ خروار؛ ۳۰ من گندم و ۸۷۰ خروار جو که بر اساس نرخ این زمان به۳۰ تا ۴۰ هزار تومان می‌‌‌رسید. این مبلغ بین مدرسه دارالفنون، شعبه تلگراف و مصارف حکومت محل و… تقسیم می‌‌‌شد. لرد کرزن که در سال ۱۲۶۸ه.ش از مدرسه بازدید کرده، در کتابش می‌‌‌نویسد که بودجه سالانه دارالفنون ۳۰۰هزار ریال است. در سال ۱۲۷۰ه.ش وضع بودجه مدرسه به علت ناچیز بودن خزانه دولت با مشکل مواجه شد، به طوری که حقوق معلمان و کارمندان آن پرداخت نشد، اما بر اثر اعتراض آنها از قرار تومانی، ۵/ ۴ریال به آنها داده شد. به علاوه، به علت کمبود بودجه، مقرری دانشآموزان از ۱۲۳۸ه.ش پرداخت نشده بود. در میان اسناد کتابخانه مجلس شورای اسلامی، سندی مربوط به بودجه سال ۱۲۶۳ه.ش دارالفنون است که ارقام در آن نوشته شده است:
۱) رئیس مدرسه ۲۰۰ تومان؛
۲) ناظم ۱۱۰ تومان؛
۳) آجودان و معلم ریاضیات ۷۰ تومان؛
۴) نقاش‌‌‌باشی و معلم زبان فرانسه ۱۰۰ تومان؛
۵) معلم زبان فرانسه ۱۰۰ تومان؛
۶) معلم علوم شیمیایی ۸۰ تومان؛
۷) معلم فقه و عربی ۷۰ تومان؛
۸) معلم نقاشی کلیه کلاس‌‌‌ها ۶۰ تومان؛
۹) معلم زبان روسی ۴۰ تومان؛
۱۰) معلم تاریخ عالم ۱۲۵ تومان؛
۱۱) معلم ریاضیات عالی ۷۰ تومان؛
۱۲) معلم ادبیات عالی فارسی ۹۰ تومان؛
۱۳) معلم ریاضیات عالی ۱۴۰ تومان؛
۱۴) معلم تاریخ طبیعی و دفتردار مدرسه ۸۵ تومان؛
۱۵) معلم شیمی و معادن لابراتوار ۳۵ تومان؛
۱۶) معلم عربی و فقه مقدماتی ۶۰ تومان؛
۱۷) معلم جغرافی و ریاضیات ۶۵ تومان؛
۱۸) معلم علوم فیزیک ۴۰ تومان؛
۱۹) معلم زبان انگلیسی ۵۰ تومان؛
۲۰) معلم ادبیات و زبان فرانسه ۶۰ تومان؛
۲۱) معلم ژیمناستیک ۵۵ تومان؛
۲۲) معلم تاریخ طبیعی مقدماتی ۴۰ تومان؛
۲۳) معلم فارسی و عربی مقدماتی ۴۰ تومان؛
۲۴) معلم حسن خط کلاس‌‌‌های عالی ۱۵ تومان؛
۲۵) معلم حسن خط کلاس‌‌‌های مقدماتی ۱۵ تومان؛
۲۶) معلم حقوق کلاس‌‌‌های عالی ۵۰ تومان؛
۲۷) معلم تاریخ و زبان فرانسه ۳۰ تومان؛
۲۸) معلم علوم مهندسی و ریاضیات عالی ۸۵ تومان؛
۲۹) مستخدمین مدرسه ۷ نفر از قرار هریک ۱۸ تومان: ۱۲۶ تومان؛
۳۰) ساعت‌‌‌ساز ۵ تومان.
۱) اعتبار سوخت به طور شهریه ۵۰ تومان؛
۲) اعتبار کتابخانه مخصوص مدرسه به طور شهریه ماهانه ۲۵ تومان؛
۳) آبدارخانه مدرسه ۲۵ تومان؛
۴) مخارج لابراتوارها ۱۰ تومان؛
۵) مخارج مسجد مدرسه دارالفنون ۱۰ تومان؛
۶) مخارج تعمیر اثاثیه ۱۰ تومان؛
۷) اعتبار کلاس شعبه ادبی ۱۲۰ تومان؛
۸) مخارج متفرقه ۲۰ تومان.
مقرری محصلان: گاهی در طول سال‌های تحصیلی به دانشآموزان و دانشجویان مدرسه مقرری پرداخت می‌‌‌شد. اما این امتیاز از سال ۱۲۳۸ه.ش قطع شده بود. دانشآموزان هر رشته دارای لباس (یونیفرم) مخصوصی بودند که بیانگر رشته تحصیلی آنها بود. این لباسها توسط خیاط مدرسه سالی دو بار برای زمستان و تابستان دانشجویان اندازه‌گیری و بعد از دوخته شدن برای پخش بین آنها به دفتر مدرسه تحویل داده می‌‌‌شد. نوع این لباس برای تابستان از جنس خارا (نوعی پارچه سبک) و برای لباس زمستانی از جنس ماهوت بود. این لباسها رایگان، به دانشآموزان رشته‌‌‌های مختلف داده می‌‌‌شد (روزنامه وقایع اتفاقیه، ۹ ربیع الاول ۱۲۶۸، ش ۴۸، ص۴). ضمن اینکه آنها ناهار را در مدرسه می‌‌‌خوردند و هزینه‌‌‌های تهیه غذا هم جزو بودجه مدرسه بود.