علاوه بر آن، در سال ۱۷۶۳م، انگلیسیها یک قرارداد ۱۰ماده‌‌‌ای را با حاکم وقت بوشهر (شیخ‌سعدون) برای تاسیس تجارتخانه منعقد کردند که طبق آن قرارداد، تجارت بندر را منحصرا به دست گرفتند، کریم‌خان نیز قرارداد یادشده را تصویب کرد. طبق این قرارداد، کمپانی انگلیسی می‌توانست هر مقدار زمین را که برای تجارتخانه خود لازم دارد، در بوشهر یا در هر محل دلخواه دیگری، در اختیار گیرد. همچنین از پرداخت عوارض گمرکی معاف شد و حق انحصاری تجارت پارچه‌های ابریشمی را به‌دست آورد. بنابراین کریم‌خان چهار ماده نیز به‌نفع مردم ایران به آن افزود که در حقیقت قدرت انگلیسیها را در خلیج فارس و دخالت در کار دولت ایران را محدود و مسدود میکرد. وی سپس در سال ۱۷۶۹م مواد ده‌‌‌گانه قرارداد را لغو کرد که انگلیسیها در اعتراض به آن بوشهر را به سوی بصره ترک کردند، ولی به دلیل شیوع طاعون در بصره (۱۷۷۴م) مجددا در سال ۱۷۷۵م به شهر بوشهر بازگشتند و کمپانی هند شرقی را از نو تاسیس کردند. از این تاریخ به بعد بوشهر مرکز عمده فعالیت انگلیسیها در خلیج فارس شد و بصره در درجه دوم اهمیت قرار گرفت.
رونق بوشهر به‌عنوان بندر مهم و درجه یک کشور در دوره قاجار
با تشکیل دولت متمرکز قاجار در سال ۱۷۸۶م، ایران وارد دوره جدیدی از تاریخ جهان شد و حضور مستقیم و همه‌جا حاضر قدرت‌های بزرگ قرن نوزدهم، با آغاز قرن و با شروع حکومت دومین سلطان قاجار مشهود و تعیین‌کننده بود و قراردادهای تحمیل‌شده از سوی قدرت‌های یادشده به دولت قاجار، کشور را به حالت نیمه‌مستعمره درآورد. بنابراین ایران دوره قاجار به مکان سوق‌الجیشی مهمی در مقیاس جهانی تبدیل شد و ارتباط زمینی مساعد و منزلگاه دریایی مناسبی را برای رسیدن به شرق دور فراهم کرد. در این زمینه، ناصرالدین‌شاه نیز مانند نادرشاه افشار در دوره سلطنت خود سعی کرد برای ایران نیروی دریایی در خلیج فارس ایجاد کند. او در سال ۱۸۶۵م پیشنهاد کرد که به منظور مراقبت و حفظ انتظامات بنادر خلیج‌فارس، چهار فروند کشتی جنگی خریداری شود و اداره آنها به صاحب‌منصبان انگلیسی و ملاحان هندی و عرب واگذار شود. این نقشه هیچ‌وقت به مرحله اجرا نرسید، اما ۱۵سال بعد، شاه متوجه شد، در صورتی که خطوط ساحلی تحت کنترل درآیند، عواید گمرکی افزایش می‌‌‌یابد. به همین منظور وی تصمیم گرفت هر سال یک کشتی خریداری کرده و ظرف چند سال نیروی دریایی مناسبی را در خلیج‌فارس آماده کند و برای اجرای این تصمیم، قرارداد ساخت دو فروند کشتی با یک شرکت آلمانی را منعقد کرد. یکی از کشتی‌ها موسوم به «پرسپولیس» با ۶۰۰تن ظرفیت و ۴۵۰اسب قوه و چهار لوله توپ‌گروپ در سال ۱۸۸۵م وارد شهر بوشهر شد که بعدها مامور مراقبت از بنادر خلیج فارس شد و کشتی دیگر موسوم به «شوش» برای حمل‌ونقل مسافر و مال‌التجاره روی رود کارون به خرمشهر فرستاده شد.
در دوره قاجار، بافت و کالبد شهر بوشهر دگرگونی چندانی نمی‌یابد و حتی اقداماتی برای تکمیل و تحکیم عناصر موجود صورت می‌پذیرد. دیوار شهر و دروازه‌های آن تا دوره سلطنت ناصرالدین‌شاه هنوز برپا بود و در این زمان چند برج معروف دیگر به برج‌های قبلی افزوده شد. همچنین در زمان سلطنت ناصرالدین‌شاه و در دوره حاکمیت میرزاحسنعلی دریابیگی بر بوشهر، اقدامات دیگری برای رفاه حال عموم انجام شد که مهم‌ترین آنها عبارتند از: تعمیر دیوار شهر (۱۲۳۹ه.ش)، بنای ۱۵بدنه ساحل دریا (۱۲۳۰ه.ش). تجدید گمرک خانه بوشهر در تاریخ (۱۲۵۴ه.ش)، بنای توپخانه جدید بوشهر (۱۲۵۹ه.ش)، سنگفرش تمامی خیابان‌های بوشهر (۱۳۶۰ه.ش)، تخریب خانه‌های کپری مستمندان و عرب‌های مهاجر در شهر و انتقال آنها به بیرون شهر به منظور زیبایی شهر و رعایت اصول بهداشت (۱۲۳۰ه.ش) و احداث یک باب آب‌انبار بزرگ برای ذخیره آب باران در اوایل دهه ۱۸۵۰م توسط یکی از تجار در کنار دریا. علاوه بر آن در دوران حاکمیت قاجارها آن دسته از شهرهای کشور رونق یافتند که از دیرباز نقش بازرگانی داشتند و درهای خود را به روی جریانات تجاری و مبادلات بین‌المللی گشوده بودند. در این دوره بازار، لولای اصلی و ستون فقرات شهر بود و علاوه بر نقش اقتصادی-تجاری خود، مکان تظاهرات تمامی اشکال و شکل‌بندی‌های اجتماعی- فرهنگی نیز به شمار می‌رفت. از این رو، بوشهر در زمان سلطنت ناصرالدین‌شاه به مرکز عظیم بازرگانی و تجاری تبدیل شد و در نتیجه بازاری در درون بافت این شهر شکل گرفت که به صورت خطی و غیرمستقیم از دیوار شهر شروع میشد و به طرف بندر و مرکز اداری و سیاسی یا مذهبی شهر امتداد می‌یافت. در زمان پادشاهی فتحعلی‌شاه این شهر به کمال اهمیت خود رسید و بازرگانان پرسرمایه و بزرگی در آن مشغول فعالیت شدند. یکی از دلایل این پیشرفت این بود که در اوایل سلطنت فتحلی‌شاه (۱۸۴۳- ۱۷۹۷م)، به دلیل برقراری امنیت در خشکی و توجه بیشتر دولت ایران به تجارت خلیج‌فارس، فعالیت‌های تجاری با شتابی شگفت‌آور رو به فزونی نهاد. در این بین، بوشهر به‌عنوان بندر بزرگ خلیج‌فارس، کماکان موقعیت خود را حفظ کرد و تقریبا ۵۰درصد از کل واردات ایران را به خود اختصاص داد و حجم مبادلات تجاری داخلی و خارجی آن به بیشترین حد خود رسید. این بندر مورد توجه قدرت‌های بزرگ، به‌خصوص انگلستان، فرانسه، آلمان و روسیه قرار گرفت. بنابراین هرگونه تغییر و تحولی در سیاستگذاری ایران از سوی حکومت مرکزی بر روند تجاری این بندر اثر مستقیم می‌‌‌گذاشت. در این دوره، قلب تجارت بوشهر، یعنی بازار، به دو قسمت اصلی کهنه و نو و قسمت‌های فرعی دیگر تقسیم شده بود. بازار کهنه، یادگار میرزاحسنعلی دریابیگی (حاکم وقت بوشهر در دهه اول سلطنت ناصرالدین‌شاه) بود و به دستور او در سال نهم پادشاهی ناصرالدین‌شاه، سقف آنجا تجدیدبنا و وسط بازار سنگفرش شد. همچنین دروازه‌هایی در آنجا ایجاد شد و پاسبانانی معین شدند تا از اموال مردم محافظت کنند. بازار نو، به بازار «معین‌التجار» معروف شده بود. شکل و ساختار بازار کهنه (قدیم) زیباتر از بازار نو و دارای پوشش (سقف تیر چوبی، با سه دروازه بزرگ ورودی شمالی، شرقی و جنوبی) بود و سقف بازار «نو» (جنوبی) پوششی از ورق آهن سفید داشت. علاوه بر آن، این بازار خود به بازارهای کوچک‌تری که انتساب به هر صنف خاص داشتند، تقسیم شده بود. بازار طلافروشان و دفاتر تجارتی، آهنگرها، کله‌بزها، آجیل‌فروشان و… هر کدام با توجه به نوع فعالیت، مکانی از بازار را به خود اختصاص داده بودند. با وجود این، به دنبال اقدامات ناشیانه شهرسازی و از هم گسستن مجموعه بافت تاریخی (با احداث خیابان ششم بهمن سابق و انقلاب فعلی) در اوایل دهه ۴۰، نقش بازار یادشده به عنوان قلب تجاری شهر کمرنگ میشود و عمده نقش خود را به خیابان می‌دهد.
در دوره مورد نظر، محلات به عنوان مکانی نیمه‌مستقل در دل شهر به حیات خود ادامه می‌دهند و کماکان به عنوان جوامعی در خود باقی مانده‌اند. در خصوص تشکیل محلات شهر بوشهر باید گفت که در این عصر، به‌ویژه از زمانی که دروازه تجارت ایران را به روی خود گشود و در نتیجه جنبه کاملا تجاری یافت، به عنوان مرکز عظیم و پرجنب و جوش تبادل کالا بین ایران و هند تقریبا با یک مرکز تجاری ایران (پایتخت) برابری میکرد. قبایل و افراد مختلفی از نقاط دور و نزدیک مانند اصفهان، شیراز، بهبهان، دهدشت، کازرون، دریس، فراشبند، دوان، دشتی، دشتستان و تنگستان به این شهر مهاجرت کردند و بر این مبنا، شهر به چهار محله اصلی تقسیم شد که در این تقسیم‌بندی عامل قومیت، نقش ویژه‌ای ایفا کرده است. به‌عنوان مثال، محلاتی همچون «بهبهانی» و «دهدشتی» خود بیانگر اسکان مهاجران واردشده به شهر الزبدهان و دهدشت هستند یا محله «شنبدی» منسوب به طایفه شنبدی است. در سال ۱۸۵۰م (۱۲۷۱ه.ق) تصویری از بندر بوشهر توسط سروان پروسکوریاکوف ترسیم شد که در آن شهر به چند محله تقسیم شده و چهار بازار عمده، مرکز محله‌ها را تشکیل می‌دهند و تمامی آنها در جهت ساختار طراحی شهر با یک نظام واحد منطبقند. مرکز شهر از میانه محله‌های شرقی به صورت بازاری به طول ۵۰۰متر به‌موازات دیوارهای دفاعی و عمود بر لبه ساحل آغاز میشود. علاوه بر اقدامات اشاره‌شده، در خلال دوران قاجار، انگلستان امتیاز ساختمان بانک انگلیس و بهره‌برداری از خط تلگراف خانقین- تهران – بوشهر را از دولت ایران گرفت که در بوشهر این خط به کابل زیرآبی انگلیسی بوشهر-جاسک-مسقط-کراچی پیوست. به این ترتیب، تلگراف هندوستان-اروپا احداث شد که سیم‌های آن نه‌تنها «لندن» را به بمبئی مرتبط می‌ساخت، بلکه مانند تار عنکبوت به دور ایران و شیخ‌نشین‌‌‌ها و امارات عربی خلیج‌فارس تنیده شده بود و موجب وابستگی اقتصادی و سیاسی آنها میشد. غیر از انگلیسیها برخی از کشورهای اروپایی دیگر نیز دارای کنسولگری و سایر تشکیلات سیاسی و تجاری در این شهر بودند که از آن جمله می‌توان به کنسولگری آلمان در سال ۱۸۹۶، کنسولگری فرانسه در سال ۱۸۸۹، کنسولگری روس در سال ۱۹۰۱، ورود مستشاران بلژیکی برای اداره گمرک در سال ۱۹۰۰، کنسولگری ایتالیا در سال ۱۹۱۴ و نمایندگان بازرگانی و سیاسی کشورهای نروژ، پرتغال، هلند، ترکیه عثمانی و… اشاره کرد. در خصوص تعداد جمعیت شهر بوشهر در دوران قاجار، محمدحسن‌خان اعتمادالسلطنه در کتاب «مرآت‌البدان» که تاریخ نگارش آن به سال (۱۲۵۲ه.ش مصادف با سال سی‌ام سلطنت ناصرالدین‌شاه) می‌رسد، نگاشته است: «مسافری که از ۶۰ سال پیش (۱۱۹۲ه.ش) در عهد پادشاهی فتحعلی‌شاه به بوشهر سفر کرده، جمعیت بوشهر را تخمینا ۵هزار نفر نوشته، ولی جمعیت حالیه آن (۱۲۵۶ه.ش) ۱۲ الی ۱۵هزار نفر است.»
به طور کلی، جمعیت شهر بوشهر در دوران قاجار با وجود اینکه فعال‌‌‌ترین و پررونق‌‌‌ترین بندر تجاری ایران محسوب میشد، پایین بوده است که علل عمده آن وجود بیماری‌های مسری مثل طاعون و وبا از یکسو و ستم حکام محلی و نزاع‌های داخلی و نیز عوامل طبیعی از سوی دیگر بوده که هر بار وقوع این امراض و بلایا تعداد زیادی از جمعیت بوشهر و حتی سراسر کشور را از بین می‌برد. علاوه بر عوامل یادشده، عدم‌رعایت بهداشت و امکانات بهداشتی نیز در کاهش جمعیت این بندر نقش عمده‌ای داشت.
تاسیس بلدیه در بوشهر و ساخت برخی زیربناهای شهری در دوره مشروطه
بندر بوشهر در تحولات دوران مشروطیت و استبداد صغیر نقش بارزی ایفا کرد؛ چرا که با صدور فرمان مشروطیت و ایجاد شور و شوق در میان ملیون ایران و به دنبال آن آغاز استبداد صغیر، آزادی‌خواهان بوشهر نیز وارد عرصه فعالیت‌های سیاسی شدند و مردم بوشهر هم با همان شور و اشتیاق در بحث و جدل‌های سیاسی شرکت کردند و گروه‌های علاقه‌مند انجمن ملی را تشکیل دادند که تجاری مانند ملک‌التجار در آن نقش عمده‌ای ایفا می‌کردند. به محض اینکه قانون تاسیس بلدیه در مجلس به تصویب رسید، بوشهری‌ها نیز چنین تشکیلاتی را در شهر خود تاسیس کردند. اما بلدیه برای اینکه بتواند به فعالیت‌هایش ادامه دهد و برای آن تامین مالی کند، بودجه‌‌‌ای نداشت و باید بودجه موردنیاز از تهران درخواست میشد. این بودجه‌بندی آکنده از نارسایی‌های وابسته به نظام مستبدانه شاهنشاهی بود که نهضت مشروطیت مدعی بود آن را از بین برده است. «هر عایدات خالصی که از منبع دیگری تامین شده باشد، باید به تهران فرستاده شود و اصلا به مصرف ایالت نمی‌رسد و این امر موجب شده تا شهر به طور روزافزونی سیمایی مخروبه به تماشا بگذارد.» به هر تقدیر، بلدیه به صورت تشکیلاتی خودکفا درآمد که سرمایه‌گذاری در کارهای ساختمانی عمومی را مدنظر قرار داد. در نتیجه دیوار ساحلی و جاده‌های جدید کشیده شد و در سال ۱۹۱۳م نیز گام‌هایی برای روشنایی شهر و ساخت جاده اصلی (که به حومه‌های شهر کشیده شد برداشته شد. از همه مهم‌تر اینکه دولت مرکزی این اصل را پذیرفته بود که عوارض بلدیه باید در جاهایی صرف شود که در آنجا وصول میشود.