در بحران قره‌باغ نیز مهم‌ترین دلیل موثر بر تطویل و لاینحل‌ماندن مناقشه، موقعیت ژئوپلیتیک منطقه است. از نظر ارامنه، قره‌باغ منتهی‌الیه شرق فلات ارمنستان را تشکیل می‌دهد و بدون آن، یگانگی فیزیکی ارمنستان در قفقاز ناقص می‌شود.آذربایجان نیز نگاه مشابهی به موقعیت جغرافیایی قره‌باغ دارد که جمع نظرات طرفین درگیر را غیر‌ممکن کرده است. قره‌باغ مشرف بر آذربایجان و به صورت قلعه‌ای کوهستانی است که هر جنبنده‌ای را از سوی غرب آذربایجان زیر نظر دارد. از سوی دیگر، محدب بودن مرزهای آذربایجان به طرف ارمنستان در منطقه قره‌باغ، این کشور را در برابر ارمنستان آسیب‌پذیر می‌کند. معادن غنی و جنگل و مراتع پهناور از دیگر جاذبه‌های غیر‌قابل انکار منطقه قره‌باغ است. قره‌باغ از دید اقتصادی نیز اهمیت فراوانی دارد. کوه‌های قره‌باغ سرچشمه تعدادی از مهم‌ترین رودهای آذربایجان است و تسلط قدرت بیگانه غیر از آذربایجان و کنترل بر آب ورودی به این کشور علاوه بر وارد آوردن صدمات فراوان بر اقتصاد آذربایجان، می‌تواند به‌عنوان اهرم فشار سیاسی بر این کشور مورد استفاده قرار گیرد. ترکیب قومی و نژادی نیز یکی دیگر از پارامترهای ژئوپلیتیک قره‌باغ است و تغییرات این پارامتر در چند دهه اخیر قابل ذکر است. قره‌باغ از منطقه‌ای با اکثریت آذربایجانی در سده گذشته، در حال حاضر به منطقه‌ای با اکثریت ارمنی تبدیل شده است. مجموعه عوامل یادشده نشان‌دهنده تفوق عوامل ژئوپلیتیکی در شکل‌گیری و تداوم بحران قره‌باغ است.
روابط ایران و جمهوری آذربایجان در دهه ۱۹۹۰، اصولا شاکله خود را پیدا کرد و ظاهرا در سال‌های بعد شاهد تکرار الگویی مشابه بوده‌‌‌ایم. برای روشن شدن این الگو نگاهی به چند نمونه از بی‌‌‌شمار وقایع رخ‌‌‌داده در روابط دو کشور انداخته می‌شود. این تلاش در قالب بررسی وقایع مربوط به سه رویداد مهم صورت می‌گیرد؛ وقایعی که در روابط ۳۰ساله دو کشور، اکنون با فاصله زمانی نه‌چندان کوتاه می‌توان آنها را دارای وجه تاریخی معرفی کرد. انتخاب این وقایع نیز از آن‌‌‌رو صورت گرفته که سیاست خارجی ایران را نمی‌توان صرفا یک سیاست خارجی منفعت‌‌‌محور تلقی کرد و بی‌‌‌گمان ایدئولوژی، بخش تفکیک‌ناپذیری از سرشت آن را تشکیل می‌دهد که در این بین مبارزه با رژیم اسرائیل و حمایت از مسلمانان و شیعیان، به‌ویژه در محیط پیرامونی کشور، یک اولویت است. وقایعی که در این بخش انتخاب شدهاند، ارتباطی جدی با وجه ایدئولوژیک سیاست خارجی ایران دارند و از همین‌‌‌رو است که احتمالا رسیدن به حدی از توازن در این حوزه‌‌‌ها با ایران برای دولت جمهوری آذربایجان دشوارترین و حساس‌‌‌ترین فرآیند در ارتباطات چندوجهی و پیچیده طرفین بوده است. بنابراین الگوی مستخرج از این وقایع را می‌توان بر الگوی قابل استخراج از دیگر وجوه روابط تهران-باکو فائق دانست.
این رویدادها عبارتند از وقایع مربوط به مسجد حضرت زهرا(س) در باکو در سال ۱۳۸۸ و مسائلی که پیرامون برگزاری مسابقات یوروویژن در سال ۱۹۹۱ در باکو پیش آمد و بازتاب مناسبات باکو و اسرائیل در سیاست خارجی ایران؛ مسائلی که اخبار آشکار زیادی راجع به آنها در دسترس است و می‌توان آن را کم وبیش به دیگر ساحت‌های روابط تسری داد. خاک جمهوری آذربایجان دو تکه است. به جز سرزمین اصلی، بخشی از این کشور، جمهوری خودمختار نخجوان نام دارد که حدود ۵۳۰۰ کیلومترمربع مساحت و ۴۵۰هزار نفر جمعیت دارد. نخجوان به‌واسطه بخشی از خاک ارمنستان از سرزمین اصلی آذربایجان جدا شده است. این منطقه ۱۶۳کیلومتر با ایران، ۲۲۴کیلومتر با ارمنستان و ۱۲کیلومتر با ترکیه مرز مشترک دارد.
یکی از دغدغه‌های اصلی جمهوری آذربایجان در تمام سال‌های بعد از استقلال خود، باز کردن مسیرهای ارتباطی با نخجوان، به‌ویژه مسیر زمینی بوده است. جمهوری آذربایجان و ارمنستان از زمان استقلال خود در اوایل دهه ۱۹۹۰ با یکدیگر دشمنی داشته‌اند که دلیل آن، اختلاف‌نظر دو طرف بر سر منطقه قره‌باغ است. قره‌باغ در دنیا بخشی از جمهوری آذربایجان تلقی می‌شود، اما از زمان استقلال جمهوری‌های شوروی، ارمنستان بر این منطقه تسلط یافته است.